根管治疗用于牙齿神经坏死或感染后的情况，比如牙髓炎，根尖周炎，牙髓坏死等病例就需要进行根管治疗。
根管治疗要解决的问题可以归纳为两个方面。一是清理细菌和感染的组织，二是将牙齿内部原来由牙神经占据的空间填满，填实。
第一步是清理细菌和感染的组织（用专业一点的话来说可以叫清创）。牙神经感染后基本没有恢复的可能，所以，要将它彻底清除，包括牙根根管壁上牙本质，由于其中有很多小管，里面也会有感染的物质进入其中，所以，要将它挫下来。清理细菌和感染组织的方法包括机械清理和化学消毒。上图就是用根管挫在清理感染的牙髓，把根管中的牙髓组织挫出来，把管壁上可能感染了的牙本质挫下来，过程中用消毒剂反复冲洗。
第二步是用一种特殊的根充糊剂和牙胶尖将清理干净后的根管充填上，要填满，填实，目的就是为了不让细菌等再进入根管中造成新的感染。
根管治疗的难度在哪里？首先是根管的弯曲，尤其是后牙，有的根管弯曲到近九十度，而且是死角，这样清理根管的器械很不容易达到底部。
第二，视野和角度不佳，尤其是后牙，后牙有的牙根是从后往前的方向，这样清理的时候就很费劲，尤其是有些人的张口度又不大。
第三，根管钙化。有些老年人，还有龋齿的刺激，都可能会造成根管内部的钙化。钙化后的根管，清理的器械很难通过达到最底部。
第四，根管分叉多。很多根管有分叉，上面是一个下面变成两个，或者上面是两个下面融合成一个，或者上面是两个中间融合成一个，到下面又分成两个，整个根管成X型，还有就是两个根管之间有交通支，还有根管有侧枝，有副根管等等，非常复杂，所以专业上称之为根管系统，它不是就那么一两个直直的管道，而是一个复杂得系统。
第五，对于以前治疗过的患牙重新治疗，还有可能前面的人在根管壁上留下了台阶，那么再治疗时，各种挫一进根管就会落到台阶上，而不能下到最底部。
由于这些问题的存在，根管治疗的难度是很高的，需要医生很高的技术，治疗也相当地消耗时间。由于这些问题的存在，根管治疗的5年有效率，对一个比较高水平的医生来说也只有90%的样子。我们的各种器械以及消毒剂是很难达到根管系统的所有角落的，所以，注定至少有10%以上的患者会有反复。